הנהלת המכללה אמונה על הובלת המוסד האקדמי בכפוף לחזונו ולהחלטות המועצה האקדמית והאסיפה הכללית. ההנהלה קובעת את אסטרטגיית הפעולה של המכללה, גוזרת ממנה מטרות ויעדים ומנהלת את ביצועם בפועל.
נשיא המכללה והמועצה האקדמית מפקחים על רמתם האקדמית של הלימודים. נשיא המכללה מנחה את הגופים הרלוונטיים במוסד לפעול לפיתוח עתידי בהיבטים האקדמיים והפיזיים גם יחד, לדאוג לשלומו ורווחתו של הסטודנט ולתנאים המוענקים לו על מנת שיגשים את חוק לימודיו.
לשכת ההנהלה מרכזת את כלל עבודת הנשיא והמנכ"ל מול גורמי חוץ ופנים גם יחד.
בלשכת ההנהלה מרוכזים הטיפול בקשרי החוץ בכללם: דוברות ויחסי ציבור, גיוס משאבים, פורום בוגרים, קשרי תעשייה והשמה, קשר עם הקהילה. כמו כן, לשכת ההנהלה אמונה על כל עבודת המזכירות האקדמית מול מחלקות הלימודים השונות.
לשכת נשיא ומנכ"ל המכללה
צוות
נשיא המכללה: פרופ' אברהם שיצר
מייל : president@kinneret.ac.il
מנכ"ל המכללה: מר מיקי לב
מייל: mankal@kinneret.ac.il
מייל לפניות אישיות: mikilev@kinneret.ac.il
סמנכ"ל קשרי חוץ וראש מטה:
הילה ברקן
מייל: hilla@kinnerert.ac.il
טלפון : 04-6653711
סמנכ"ל פיתוח ואסטרטגיה אקדמיים: ד"ר אסנת סוויד
מייל: osnats@kinneret.ac.il
טלפון : 04-6653605
מזכירת המזכיר האקדמי: רויטל עידו
מייל: revitali@kinneret.ac.il
טלפון : 04-6653743
מזכירת נשיא: רוית זהר וייס
מייל: president@kinnerert.ac.il
טלפון : 04-6653628
מזכירת מנכ"ל: שולה סלם
מייל: shula@kinneret.ac.il
טלפון: 04-6653708