המנהל האקדמי מאגד את הנושאים שקשורים בתפר שבין המנהלה והאקדמיה.
מטרתו היא להגדיר, לפתח ולהטמיע אסטרטגיה ארגונית רוחבית בתחום הניהול האקדמי.
מדור סגל הפועל במסגרת המנהל האקדמי אחראי למגוון שירותים מנהליים לסגל האקדמי החל מתהליך הקליטה, דרך שלב החוזים, תנאי העסקה וזכויות אקדמיות, ועד שלב הפרישה לגמלאות.
כמו כן אחראי על תקציב ההוראה של המכללה, ביצוע סקר הערכת הוראה ודיווחים למועצה להשכלה גבוהה.
באחריות המנהל האקדמי מגוון תחומים כגון: כנסי מרצים, פרסום שנתון המכללה, פרסום נהלי ותקנוני המכללה, בניה ופרסום לוח זמנים אקדמי, ריכוז רשויות המשמעת, השירות לסטודנט החל מהרשמתו וכלה בשלב קבלת הזכאות וסיום התואר.
הכרה בלימודים אקדמיים קודמים, אישור מועדי מבחן מיוחדים, תכנון וניהול מערך הבחינות, הפקת אישורים, ועוד.
למנהל האקדמי כפופים המדורים הבאים: מדור סגל, מדור בחינות, מדור סטטוס ואישורים. כמו כן, ישנה כפיפות מקצועית של ראשי המינהל ורכזות תוכניות הלימוד בבתי הספר.